تولى مبارك رئاسة البلاد في 14 تشرين الأول عام 1981، ليصبح الرئيس المصري الرابع بعد محمد نجيب وجمال عبد الناصر وأنور السادات منذ الانقلاب العسكري ضد الحكم الملكي في تموز 1952. أعيد انتخابه رئيساً للجمهورية خلال استفتاء على الرئاسة في أعوام 1987، 1993، 1999 و2005 لخمس فترات متتالية لتكون فترة حكمه من أطول فترات الحكم في المنطقة العربية قبل أن تقوم الثورة في 25 كانون الثاني عام 2011 وتجبره على التنحي في شباط من العام نفسه حين أعلن نائب الرئيس عمر سليمان في بيان مقتضب تخلي الرئيس عن منصبه وتكليفه المجلس الأعلى للقوات المسلحة إدارة شؤون البلاد ... ثورة إختارتها المعارضة المصرية من شباب 6 أبريل وحركة كفاية وكلنا خالد سعيد (نسبة إلى المواطن المصري الذي قتل في الإسكندرية عام 2010 بعد أن جرى تعذيبه حتى الموت على أيدي اثنين من مخبري قسم شرطة ولم يتم البت في قضيته بعد إثبات الاتهام بالقتل عليهما) في ذلك اليوم ليوافق مع عيد الشرطة، كي تحتج على الأوضاع المعيشية، السياسية والاقتصادية السيئة وكذلك على ما اعتبر فسادًا في ظل حكم الرئيس محمد حسني مبارك وسوء معاملة الشرطة للشعب.

ثورة للأسف، سقط ضحيتها العديد من الشبان، بعضهم على يد قوات الشرطة والبعض الآخر على يد بعض المأجورين التابعين للحزب الوطني الحاكم؛ وقد صرح وزير الصحة في وزارة تصريف الأعمال أن عدد ضحايا الثورة بلغ حتى شباط 2011 حوالي 365 بينما رجحت مصادر أهلية أن العدد يتجاوز الـ 500 قبل أن يصرح في الرابع من نيسان من العام نفسه مصدر مسؤول في وزارة الصحة أن عدد الضحايا في جميع المستشفيات والمديريات التابعة لوزارة الصحة في الأحداث وصل إلى 384 شخصًا...

مثل مبارك في قفص الإتهام للمرة الأولى في أكاديمية الشرطة في القاهرة يوم الأربعاء 3 آب 2011 بتهم انتهاك حقوق الإنسان الموجهة إليه وقتل المتظاهرين خلال أحداث ثورة 25 يناير بالإضافة هدر المال العام وتصدير الغاز الطبيعي لإسرائيل بأسعار زهيدة مما يضر بالاقتصاد المصري، وما لبثت المحاكمة أن تحولت إلى ساحة قضاء برئاسة المستشار أحمد رفعت، وظهر مبارك راقداً على سرير متحرك داخل قفص الاتهام ومعه نجلاه علاء وجمال بالإضافة لوزير الداخلية السابق حبيب العادلي ومعاونيه. حضر الجلسة أكثر من 300 شخص من أسر الشهداء الذين قضوا في المظاهرات بالإضافة إلى هيئة الدفاع وممثلي الادعاء وعدد من الإعلاميين وانفرد التلفزيون المصري بتصوير المحاكمة العلنية على الهواء مباشرة. شكّل مثول مبارك في جلسة محاكمته الأولى أمام المحكمة سابقة هي الأولى من نوعها في العالم العربي كونه الرئيس الأول الذي يمثل أمام محكمة غير استثنائية وما زالت جلسات الاستماع والبحث في القضية سارية حتى اليوم.

تم الحكم على مبارك بالسجن المؤبد في جلسة صباح يوم السبت الموافق فيه 2 يونيو عام 2012. قامت هيئة الدفاع عنه بالطعن على الحكم وقبلته المحكمة في يوم الأحد الموافق 13 يناير 2013 ليتم نقله للعلاج في مستشفى المعادي للقوات المسلحة. وحكمت محكمة الجنح بإخلاء سبيلة بعد انقضاء فترة الحبس الاحتياطي يوم 21 أغسطس 2013.