لم يكن خلفاء محمد بن حسن في نفس مستوى كفاءته القيادية، فحدث نزاع على الحكم بين أمراء الأسرة حتى استقل كل زعيم بجزيرته ووصل عدد الإمارات في الجزر إلى 12 إمارة، لكل واحدة سلطان.

انشغلت الإمارات بالخلافات الجانبية والصراعات الشخصية وغفلت عن الأعداء الذين بدأوا بالتسلل إلى البلاد شيئًا فشيئًا، أولهم فرنسا التي دخلت عن طريق مساعدة بعض الأمراء المتنازعين ضد خصومهم، فاحتلت جزيرة مايوت سنة 1841، ثم موهيلي سنة 1886، قبل أن يأتي العام 1912 وتصبح جزر القمر مستعمرة فرنسية رسمياً بعدما ألقت فرنسا القبض على السلطان علي بن عمر آخر الرجال الأقوياء بالجزر واستمر هذا الوضع حتى الحرب العالمية الثانية.

عندما احتلت ألمانيا فرنسا في الحرب العالمية الثانية، قامت بريطانيا بالسيطرة على جزر القمر وجعلتها قاعدة لسفنها الحربية في المحيط الهندي، ثم أعادتها لفرنسا بعد انتهاء الحرب وضمها ديغول لمجموعة الشعوب الفرنسية، غير أن الحركات المطالبة بالاستقلال أخذت في الظهور والتنامي، وقد صوتت ثلاث جزر للاستقلال وحصدت أصواتا كثيرة، بينما صوتت مايوت ضد الاستقلال وعلى الرغم من ذلك وفي السادس من تموز من العام 1975، أعلن أحمد عبد الله استقلال دولة جزر القمر وأصبح أول رئيس لها ولكن فرنسا لم تشأ أن تترك هذه الجزر تنعم بالاستقرار، فظلت الاضطرابات والانقلابات تشتعل فيها حتى وقت قريب، لتشهد جزر القمر منذ الاستقلال أكثر من 20 انقلاباً أو محاولة انقلاب...

ففي الثالث من آب 1975 قام المرتزق بوب دينارد بمساعدة الحكومة الفرنسية بخلع الرئيس أحمد عبد الله من منصبه عن طريق انقلاب مسلح واستبداله بعضو الجبهة الوطنية المتحدة في جزر القمر الأمير سعيد محمد جعفر وبعد عدة أشهر تم خلع جعفر لصالح وزير الدفاع علي صويلح الذي شهد عهده سبع محاولات انقلاب قبل أن يتم طرده من منصبه وقتله في نهاية المطاف وإعادة عبد الله الذي استمر بالحكومة حتى 1989 قبل أن يلقى مصرعه في مكتبه رميًا برصاص ليخلفه سعيد محمد جوهر حتى 1995 قبل أن ينفيه الفرنسيون...

عام 1997، أعلنت جزيرة أنجوان وجزيرة موهيلي استقلالهما عن جزر القمر في محاولة لاستعادة الحكم الفرنسي غير أن فرنسا رفضت طلبهما مما أدى إلى مواجهات دموية بين القوات الاتحادية والمتمردين قبل أن يقوم العقيد غزالي عثماني رئيس أركان الجيش بالاستيلاء على السلطة في انقلاب غير دموي مطيحًا عام 1999 بالرئيس المؤقت مسوندي وكان هذا هو الانقلاب الثامن عشر في جزر القمر... وعندما فشل غزالي في تعزيز سلطته، تدخل الاتحاد الإفريقي معتمداً تسمية «اتحاد جزر القمر» كإسم رسمي للبلاد واضعين نظاماً سياسياً جديداً يتمثل في الحكم الذاتي على أن تتم مداورة الرئاسة على الجزر الثلاث كل 4 سنوات. وأجريت انتخابات ديمقراطية عام 2006 انتخب على أثرها أحمد عبد الله محمد سامبي.

وفي الخامس والعشرين من مارس 2008، قام مئات من جنود الاتحاد الإفريقي وجزر القمر بالاستيلاء على جزيرة أنجوان التي يحكمها المتمردون برئاسة محمد بكار الذي لاذ بالفرار إلى جزيرة مايوت، وهي مقاطعة فرنسية في المحيط الهندي، كي يطلب اللجوء السياسي واليوم يترأس الدكتور إكليل ظنين رئاسة الجمهورية.